La CNSA consacre chaque année une part de son budget en enveloppes régionales pour que les agences régionales de santé identifient et soutiennent des projets d'investissement selon les critères définis par la caisse.. Les ARS doivent lui transmettent les projets pour instruction, signature d'une convention avec les promoteurs et versement des subventions.

Désormais, les agences régionales de santé seront plus autonomes et bénéficieront d'un pouvoir de décision renforcé. Ce sont les ARS qui contacteront les promoteurs et verseront directement les subventions, appelées autorisation d'engagement. Les crédits versés par la CNSA seront versés sur 4 ans suivant l'avancement des travaux : 5% en 2014, 15% en 2015, 30% en 2016, 50% en 2017. Cette simplification devrait pouvoir accélérer les délais d'acceptation des projets et le paiement des promoteurs.