Après cinq ans à la direction générale de la FEHAP, Antoine Perrin passera la main à Charles Guépratte dont la mission sera de mener à bien les grands chantiers de la fédération.

Après un début de carrière comme directeur des achats du CHU de Nancy puis directeur de cabinet du directeur général du CHU tout en assurant l'intérim de la direction du CH de Pont à mousson, Charles Guépratte devient conseiller technique pour l'organisation de soins au cabinet de la ministre de la santé et des sports, Roselyne Bachelot. Il participe à l'élaboration de la loi HPST, mais aussi du plan de développement des soins palliatifs et à l'instruction politique des dossiers d'investissements hôpital 2012.

De 2009 à 2016, en tant que Directeur Général Adjoint de Gustave Roussy, il gère un des établissements de lutte contre le cancer emblématique du secteur privé non lucratif.

Depuis septembre 2016 il occupe la fonction de directeur général du CHU de Nice. Il est également président du groupement d'achat UNIHA (1ère centrale d'achat hospitalière) et directeur général de la filiale des CHU French university Hospital International, valorisant l'expertise des CHU à l'international.