Nommé Directeur général adjoint de l'ARS Poitou-Charentes le 1er juillet 2015 en remplacement de Jean-Pichel Gernais, qui a fait valoir ses droits à la retraite, François Fraysse s'est vu propulsé Directeur général par intérim en remplacement de François Maury qui avait été nommé pour prendre la tête de l'ARS. Ce dernier, a en effet été nommé le 15 juillet 2015 DG de l'ARS Océan indien à compter du 24 août 2014. François Fraysse assurera donc la direction générale de l'Agence jusqu'à la création de la nouvelle ARS regroupant les agence d'Aquitaine, Limousin et Poitou-Charentes le 1er janvier 2016.