Titulaire d'une maîtrise de droit public et ancienne élève de l'Ecole nationale de santé publique, Elise Noguera débute sa carrière à l'hôpital de Roanne (Loire) comme directrice adjointe, chargée de la qualité et de la gestion des risques.

Elle rejoint, en janvier 2006, l'Assistance publique-hôpitaux de Paris (AP-HP) comme auditrice à la direction de l'inspection et de l'audit. A partir de 2009, elle devient directrice adjointe chargée des affaires médicales et de la stratégie aux Hôpitaux universitaires Henri-Mondor.

En octobre 2011, Elise Noguera est nommée conseillère technique chargée des questions hospitalières et de l'offre de soins auprès du Ministre du travail, de l'emploi et de la santé Xavier Bertrand.

Elle devient, en 2012, chargée de mission à la direction du pilotage de la transformation de l'AP-HP.

En 2014, elle est nommée directrice du site Henri-Mondor.

Depuis 2015, Elise Noguera est adjointe à la directrice du groupe hospitalier des hôpitaux universitaires Henri-Mondor.